مسجد جامع خوانسار مربوط به سدهٔ ۱۲ است و در خوانسار، ورودی شهر، قبرستان کهنه واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۰ آبان ۱۳۵۴ با شمارهٔ ثبت ۱۱۲۱ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
مسجد جامع خوانسار یکی از قدیمی‌ترین مساجد تاریخی ایران به‌شمار می‌رود. تاریخ بنای این مسجد براساس سنگ نوشته‌ای که بر سر در آن نصب شده سال ۱۱۰۱ ه. ق، را نشان می‌دهد که هم‌اکنون این بنای تاریخی به‌دلیل افزایش نم و رطوبت در معرض تهدید قرار گرفته است.
ساخت مسجد جامع خوانسار با حدود سه هزار مترمربع مساحت براساس سنگ نوشته‌ای که بر سر در آن نصب شده ، مربوط به سال ۱۱۰۱ هجری قمری است و به عنوان بزرگترین و قدیمی‌ترین مسجد شهرستان محسوب می شود که در جنوب شرقی و ورودی شهر از طرف اصفهان قرار گرفته است .
این مسجد در نقطه‌ای مرتفع واقع شده و با دیوارهای خشتی و آجری دارای گنبدی قوسی شکل و گچبری‌های بسیار نفیس و پنجره های زیبا و مشبک ارسی است .
مسجد دارای دو شبستان شرقی و غربی و محرابی تزئین شده به گچبری و خطوط کوفی و حوض سنگی یکپارچه است که آب آن از قناتی بنام گنگ در چند کیلومتری این مسجد و با لوله های گلی به آن منتقل میشده .
درب شمالی مسجد با منبت‌های بسیار نفیس دارای ارزش تاریخی و شبستان زمستان نشین از دیگر ویژگی های خاص و زیبای این مسجد است .
