آسیاب آبی اشكذر در حاشیه غربی كویر یزد و در ضلع جنوب شرقی در ۲۰ كیلومتری شهر یزد در امتداد مسیر جاده اصلی رستاق كه اشكذر را به بندر آباد و روستاهای مجاور متصل می‌كند، واقع شده است.