مسجد جامع ندوشن مربوط به سدهٔ ۸ ه. ق. است و در صدوق، روستای ندوشن واقع شده و این اثر از جاذبه های ندوشن،در تاریخ ۲۰ آبان ۱۳۷۷ با شمارهٔ ثبت ۲۱۵۰ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
مسجد جامع ندوشن مسجدی است نسبتا بزرگ با ایوان تابستانی وگرمخانه زمستانی که درمرکز شهر بنا گردیده است.پوشش سقف گرمخانه بصورت تاق وتویزه ( قوس باربری كه بار طاق مجاورش را تحمل می‌كند) وقوسهائی با قد پای نه چندان بلند ، نیم طبقه در طرفین محراب ودرطول گرمخانه دیده می شود که فضای گرمخانه را آرام ودلنشین ساخته است درستون سنگی به ارتفاع 2 متر درطرفین محراب ودو ستون دیگر به قرینه درمدخل گرمخانه قراردارد.کتیبه ای گچی که برروی آن سوره جمعه درج گردیده است درپای تویزه ها ودرپیرامون گرمخانه جلب توجه می کند.تابستانخانه مسجد با پوششی تاق وتویزه وقوسهائی با قد پای بلند وکتیبه ای گچی دراطراف حوضخانه درضلع شمالی آن قرارداشته است.حسینیه سفلی متصل به تابستانخانه مسجد با نمائی آجری وصفه های سفید کاری شده ، یکی از ورودی های مسجد، درضلع غربی، حسینیه سفلی قرار دارد.حسینیه در مقایسه با مسجد از قدمت واهمیت کمتری برخوردار است.لیکن در مجموع هردو بنای مسجد وحسینیه اثری همگون را بدست می دهد.قرآنهای خطی درهمین قسمت ودرانباری کوچکی به همراه منبر معروفش نگهداری می شوند.
مسجد دارای مناره ای است به ارتفاع 20 متر كه در دوره صفویه به آن اضافه شده است این مناره 60پله ای با نمائی آجری وگلدسته آجر لعابدار، با منارجنبان اصفهان هنرنمایی می كند كه در اذان سه وقت ومراسم وداع آخر ماه مبارک رمضان از آن استفاده می شود. 27 درکتاب یادگارهای یزد درباره مسجد جامع چنین آمده است: “مسجدی نسبتا بزرگ با ایوان تابستانی وگرمخانه زمستانی از آثاری که درآن دیده می شود ، چون منبر وسرستونهای چوبی ودرهای تاریخ دار ، قدمت واعتبار آن نیک مشخص است وآثار آن بشرح زیر معرفی می شود.
1- سرستونهای کنده کاری شده چوبی ظریف که هنگام تعمیر گرمخانه آنها را جمع کرده اند ویکی از آنها براداره فرهنگ وهنر دریزد دیده شد . نوع این سرستونها درستونهای مساجد طزرجان وبنادک سادات نیز بکار رفته است .
2- در چوبی ورودی کنده کاری شده از قرن هشتم هجری که چهار بار عبارت “هذا الباب وقف علی المسجد الجمعه فی قریه ندوشن ” شده است.بربالای قاب قسمت فوقانی هریک از دو لنگه این درتسمه ای ازآهن کوبیده اند که برآن به خط نسخ این عبارت را کنده اند . “فقد وقف وحبس (دو کلمه خوانده نشده )من له القضاء وحکومه الشرعیات والاوقاف فی قریه ندوشن وبجبله بلده یزد علی (دو کلمه خوانده نشد )الواقعه داخل قریه المذکوره فی سادس عشر شعر شعبان سنه ثلاث وثلاثین وسبعمائه ، عمل (نام خوانده نشد )حداد”
3- مسجد درچوبی کنده کاری دیگری دارد که درکوچه واقع شده است وبر تسمه آهنی منصوب بر قسمت فوقانی دو لنگه دراین عبارت را کنده اند : “……..(افتاده وشکسته )المراعین من الاوقاف وحکومه الشرعیات علی المسجد الجامع بقریه ندوشن (افتاده)عمل محمد ابن علی .”
4- در داخل گرمخانه چهار ستون سنگی به بلندی دو متر وبه کلفتی شصت سانتی متر نگاهدارنده سقف چوب پوش است .
5- کتیبه های گچ بری شده گرمخانه وایوان تابستانی مورخ 1276 می باشد .
6- چهار قطعه سنگ مربوط به وقف آب وباغ بر مسجد که همه از قرن سیزدهم هجری است بر دیوار مدخل مسجد وسردرگرمخانه نصب است .
7- چند رحل چوبی در مسجد دیده شد که یکی از آنها عمل حیدر ندوشنی مورخ(ناخوانا)9 است .(ظاهرا 1009).
8- نفیس ترین اثر قدیمی مسجد ،منبر چوبی مشبک وکنده کاری شده آن است که متاسفانه قسمتی از آن را موریانه خورده ویک بار هم مرمت شده است.
نفیس ترین اثر تاریخی و فرهنگی ندوشن ، منبر چوبی قدیمی مسجد جامع آن می باشد كه از چوب سرو و كاج در سه قسمت مجزا ساخته شده كه دارای تزئینات مشبك كاری و منبت كاری می باشد و آیاتی از قرآن با خط کوفی بر پله ها و سرلوحه آن نقش بسته است. تاریخ ساخت این اثر و نام بانی و واقف آن نیز در سرلوحه منبر حک شده است.زمان ساخت این منبر بر حسب سرلوحه آن، سال 546 هجری قمری است و مقارن با دوران حکومت امرای کاکویه در یزد است.
بخش اصلی این منبر دارای شش پله و طول دو متراست و ارتفاع آن تا بالای پله ششم، دو متر و 30 سانتیمتر است و به همت میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری استان یزد مرمت و بازسازی شده است. در دو سوی این منبر همچنین در سمت روبروی پله ها، آیاتی از قرآن کریم با خط کوفی و حروف برجسته نقش شده است که شامل آیاتی از سوره های جمعه، آل عمران، بقره و غافر است.سرلوحه این منبر که با طرح محراب تزئین شده و نقوش اسلیمی در اطراف آن به صورت منبت کاری به چشم می خورد از اهمیت خاصی از لحاظ نوع خط، تزئینات، اسامی و تاریخ ذکر شده در مورد ساخت آن برخوردار است. در لچکی های دو سوی محراب، عبارت “لا اله الا الله” و “محمد رسول الله” به خط کوفی نوشته شده و در میانه محراب عباراتی با ارزش تاریخی و به خط کوفی به چشم می خورد. این اثر با توجه به قدمت و تزئینات به کار رفته در آن، یکی از آثار زیبا و منحصر به فرد تاریخی است که نشانگر هنر، فرهنگ و تمدن ایرانیان است.
