بنای تاريخی امامزاده اسماعيل يوجان خمين در فاصله شش كيلومتری جاده خمين به محلات در روستايی به‌نام يوجان قرار گرفته است. بر روی در ورودی اصلی به گنبدخانه تاريخ ۱۰۳۳ هـ.ق حك شده كه قدمت آن به دوره صفويه برمی گردد.اما اصل بنا به واسطه سبك و سياق معماريش احتمالا مربوط به قبل از دوره صفويه می باشد.
پلان گنبدخانه اين بنا به صورت چهارضلعی بوده كه پوسته گنبد روی اضلاع آن واقع شده است. اين گنبد از نوع يك پوسته بوده و ارتفاع آن از رأس تا كف حدود ۱۱ متر می باشد. زير سقف گنبد خانه را با پلاستری از گچ سفيد كرده‌اند. همچنين پوسته گنبد آجری بوده و پشت بام ايوانها و اطراف گنبدخانه را با اندود و كاهكل پوشانه‌اند. در ضلع شمالی گنبدخانه ايوانی واقع شده كه ارتفاع آن تا حدود 10 متر بوده و در طرفين آن راه پله‌های ورودی به پشت بام قرار گرفته است.
ايوان فوق شامل قسمت مركزی به صورت يك طبقه و ضلع شرق و غرب به صورت دوپوش می باشد كه تعداد كمی تزيينات گچی نيز دارد. در سابق در اطراف گنبدخانه حجره‌هايی وجود داشته كه احتمالا توسط مردم محل تخريب شده است. در ديوار جبهه شرقی و غربی ايوان مقداری خشت به‌كار رفته است. مصالح به‌كاررفته در بنا به جز خشت كه در بالا آمد شامل: سنگ در پی و آجر جهت اجرای تاق و تاق تويزه‌ها می باشد. تزيينات به‌كار رفته در بنا شامل تعداد كمی تزيينات گچی در قسمت ايوان و تزيينات گره‌كاری و خطوط به كار رفته بر روی در ورودی اصلی به گنبدخانه می باشد.
همچنين در كف گنبدخانه يك صندوق بسيار نفيس و زيبا وجود دارد كه روی آن كتيبه‌ای با نقشهای هندسی ديده می شود.
کتیبه تاریخى صندوق بدین شرح مىباشد: «السلطان بن السلطان الخاقان و المظفر شاه طهماسب بهادرخان الحسینى الصفوى خلداللَّه سلطانه» نام واقف صندوق و کاتب آن نیز چنین آمده است: «شاه ولى بن شاه منصور خوراوندى و الفقیر المدین محمّد کمال کاتب و بهزاد بن احمد کمال کاتب عفى عنهما».
بر بدنه غربى صندوق، به صورت عمودى به خط خوش و به شکل منبّت، چنین نوشته شده است: «هذا مرقد مقدّس و تربت معطر حضرت امامزاده معصوم سلالة الائمه الاطهار اسماعیل بن امام موسى کاظم(ص) ».
در قاب زیرین این بدنه، نوشته شده: «بسماللَّه الرحمن الرحیم انا فتحنا لک فتحا مبینا لیغفر لک…» (ادامه آیات بر دور دیگر بدنه‌هاست.)، و بر بدنة غربى، نام بانى صندوق با عناوین ذیل به چشم مىخورد: «الخاقان بن الخاقان المظفر شاه طهماسب بهادر خان الحسینى الصفوى خلداللَّه ملکه و سلطانه» و در قاب عمودى آن: «سبحاناللَّه و الحمدللَّه و لا اله الااللَّه واللَّه اکبر، لا حول و لا قوه الا باللَّه العلى العظیم سبحانک انى کنت من الظالمین» بر بدنة شرقى به قاب میانه به صورت افقى در یک خط نوشته شده: «بتاریخ من شهر الرمضان المبارک سنة ثلاث و ثمانین و تسعمائه (983 هـ. ق) عمل استاد مصطفى و فرزند صلبى او استاد حسنشایى محلاتى»
امامزاده سیّد اسماعیل که بود؟
وى سیّدى جلیل القدر، عظیم الشأن و بسیار بزرگوار بود. جّد اعلایش سیّد ابراهیم المرتضى همان فرزند بزرگوار امام هفتم است که در سال 199 هـ. ق در یمن قیام نمود و پس از تصرّف این شهر از سوى محمّد بن محمّد بن زید الشهید ، استاندار یمن گشت. پس از شسکت قیام مذکور، مأمون عبّاسى به او امان داد و او در خراسان نزد برادرش امام رضا (ص) شتافت و در سال 210 هـ. ق، به دست مأمون عبّاسى مظلومانه مسموم و سپس به شهادت نایل آمد.
علماى انساب، تداوم نسل سیّد ابراهیم المرتضى را از سه فرزند او به اسامى موسى، جعفر و اسماعیل مىدانند و می نویسند که سیّد اسماعیل فرزندى داشته به نام سیّد محمّد که ملقّب به شریف بوده است. ابونصر بخارى، قایل است که نسل محمّد الشریف بن اسماعیل بن ابراهیم المرتضى، منقرض گشته اما ابن طباطبا شدیداً با این قول مقابله کرده و آن را غیر واقع می داند و می نویسد: فرزندان سیّد محمّد بن اسماعیل در دینور سکونت داشتهاند که از آن جمله سیّد ابوالقاسم حمزه بن على است که سیّدى بسیار جلیل القدر و با عظمت بود.
بنا به گفته برخى از علماى انساب، سیّد محمّد بن اسماعیل بن ابراهیم المرتضى، از محدّثین شیعه و زیاده با حشمت و بزرگوارى بوده است. او یک فرزند به نام سیّد یوسف داشت که در قروه سکونت داشته است. نوادگان او، به منطقة جبل و عراق عجم مهاجرت نموده اند و برخى از آنان در اراک، ساوه، تفرش و خمین صاحب گنبد و بارگاه می باشند.
امامزاده سیّد اسماعیل، یک فرزند به نام سیّد احمد داشته که از او تیرههاى زیادى از سادات به وجود آمدهاند که اسامى آنان زینت بخش کتب انساب است. از تاریخ وفات و نام همسر او در منابع موجود ذکرى به میان نیامده اما از واسطه هاى نسب شریف او، مىتوان گمان زد که وى در دهه آخر قرن چهارم هجرى وفات یافته باشد. آرامگاه او از دیر باز مورد توجّه دوستداران اهل بیت است.
امامزاده اسماعیل که از جاهای مذهبی خمین می باشد ، به شماره 1625 و در تاریخ 11/11/1354 به ثبت آثار ملّی و تاریخى رسیده است.
