مسجد جامع قاین (ذوالقبلتین) اولین اثر تاریخی به ثبت رسیده در خراسان جنوبی است که با گذشت بیش از یک هزار و 100 سال همچنان به عنوان بلندترین عمارت قاین و یک شاهکار اصیل ایرانی اسلامی محسوب می شود.این مسجد دو محراب دارد که یکی بسوی کعبه و دیگری بسوی بیت المقدس است.این مسجد از جاذبه های مذهبی تاریخی قائن،بنایی بسیار قدیمی و در نهایت شکوه و جلال است که علاوه بر روحانیت معنوی دارای ظاهری دل‌چسب و فرح‌انگیز است.
استقرار یکی از پایه‌های مسجد بر روی آتشکده ساسانیان گویای تاریخ کهن آن است. اغلب مورخان و جهانگردان در بیان و معرفی شهر قائن به مسجد جامع صراحتاً اشاره‌هایی داشته‌اند. از کتیبه‌های متعدد مسجد جامع می‌توان نتیجه گرفت که این بنا بارها بر اثر زلزله صدمه کلی دیده و مرمت شده است.
در یکی از کتیبه‌های ایوان به سال ۷۹۶ هجری قمری نوشته شده است، این بنا به فرمان جمشید قارن از خاندان معروف قارن که در دوره امیر تیمور جهان‌گشا حاکم قائن و مدتی حاکم ساری و دامغان بود، تعمیر و مرمت شد.لوحی به خط رقاع در داخل رواق پنجم در ضلع شمالی حیاط مسجد است و تاریخ آن اول رجب سال ۹۲۱ ه.ق است. مضمون کلی آن مربوط به زمان فرمانروایی امیر سلطانی است که در(۹۱۹-۹۲۱) هجری از سوی شاه اسماعیل صفوی در قائن به این مقام منصوب شد.
سنگ لوحی در سمت راست ورودی ایوان مسجد به ابعاد ۱۲۰ در ۵۰ سانتی‌متر و با خط بسیار زیبای رقاع که شاه سلیمان صفوی امر به بازسازی مسجد داد، وجود دارد.بسیاری معتقدند از قلعه کوه قائن تا دژ مرکزی شهر و مسجد جامع یک تونل زیر‌زمینی وجود داشته و مورد استفاده بوده است. احتمال دارد این معبر با مسیر کاریز جعفر آباد یکی باشد که در نزدیکی قلعه کوه معبرش مجزا می‌شود. اگر کاوش‌های باستان شناسی انجام شود، شاید بتوان بسیاری از شگفتی‌ها را شناسایی و معرفی کرد.
مسجد جامع دارای دو محراب است و جزء قدیمیترین مساجد ایرانی است و ۲۴۷۰ متر مربع وسعت داشته که ۱۰۵۰متر مربع آن زیر بنای ایوان، شبستان‌ها و حجره‌ها و ۱۲۰۰ متر مربع عرصه داخلی است.
حیاط مسجد محوطه‌ای به در‌ازای ۳۳ و پهنای ۲۸ متر است. در اطراف حیاط حجره‌هایی به عمق دو متر قرار دارد، از شاهکارهای معماری مسجد ایوان آن است که به طرز با شکوهی به زیبایی مسجد گوهرشاد با ارتفاع ۱۸متر، عرض ۱۱متر و طول ۲۲متر ساخته شده است.
قبلاً دو مناره در دو سمت ایوان به ارتفاع ۵ متر داشته که باعث زیبایی بیشتر مسجد می‌شد و تا قبل از ویرانی صدای مؤذن از آن بلند بود.
سقف ایوان چهارطاق و سه گنبد دارد که به طرز زیبایی رنگ‌آمیزی و تزئین شده و معرق‌کاری‌هایش بسیار ظریف و زیباست، نقاشی‌های ایوان به شیوه اصفهانی بوده و در دوره صفویان انجام شده و در زمان‌های بعد روی آنها را رنگ زده‌اند.
دو شبستان در دو سمت ایوان علاوه بر این‌که در فصل زمستان استفاده خوبی داشته، برای جلوگیری از رانش دیوارهای اطراف ایوان نیز تأثیر بسزایی دارند.منبر چوبی بزرگ و نفیس مسجد مربوط به سال ۱۰۸۲هجری است که از چوب چنار توسط استاد محمد واعظی کاخکی به طرز ماهرانه‌ای ساخته شده و کتیبه آن با خط مسخ بر روی آن منبت کاری است.
در میان صحن مسجد پایابی مسقف برای دسترسی به آب قنات جعفرآباد و به دستور صفشکن‌خان هم‌زمان با حکومت شاه سلیمان صفوی احداث شد. این پایاب در ۵,۵ متری عمق زمین دارای ۲۰ پله است.
در میان صحن مسجد به منظور تعیین ظهر شرعی قائن ساعت آفتابی توسط استاد توحیدی ساخته شده، دو درب مسجد یکی به‌سوی بازار قدیمی در شرق با دری بزرگ و دیگری به‌سوی شمال(محل بازار فعلی ) باز می‌شود.
در سمت راست ورودی ایوان مسجد لوح بزرگی به‌صورت عمودی در بدنه دیوار نصب شده و تاریخ آن محرم‌الحرام سال ۱۰۴۶هجری قمری است.
مسجد جامع قائن به عنوان یک اثر مهم تاریخی ـ مذهبی و خصوصیات معماری با نبوغ به شماره ۲۹۵ در فهرست آثار ملی ایران قرار گرفته است.
آدرس:خراسان جنوبی، شهر قاین، خیابان امام خمینی
