مسجد جامع نایین با الهام از مسجد پیامبر مدینه به سبک خراسانی بنا شده است.مسجد جامع نایین اصفهان در دوره آل‌بویه بنا شد، این مسجد از جاذبه های نایین،از معدود مساجدی است که کمتر دچار تغییر، تحولات و دستخوش روزگار شده و شکل اولیه خود را حفظ کرده. با توجه به اینکه مسجد جامع نایین در منطقه کویری واقع شده، بیشتر مصالح به کار گرفته شده در بنای آن از خشت و آجر است.
آن چه بیننده را در اولین برخورد با این مسجد به وجد می‌آورد؛ اوج هنر آجرکاری است که معماری این بنا را در پوسته‌ای از خاک رس قرار داده. نمای معماری این مسجد پوشیده شده از آجر و جرزهای آن ساده و زیبا با خطوط اسلیمی ظریف تزیین شده است. تمام ورودی‌ها، سقف دهانه‌ها و محراب مسجد نایین از لحاظ معماری ارزش بسیاری دارند و در نوع خود کم‌نظیر هستند. بخشی از شکوه و جلال مسجد جامع نایین در گچ‌بری زیبا و بی‌نظیر آن نهفته که بسیار چشم‌نواز است.
اگرچه برخی از ایران‌شناسان، ساخت این مسجد را به دوره خلافت عمرابن عبدالعزیز نسبت داده‌اند اما پروفسور پوپ ساختمان مسجد را به سال ۳۵۰ هـ.ق و آندره گدار فرانسوی آن را به حکومت دیلمیان منسوب می‌کنند. بنابراین می‌توان قدمت قرن چهارمی این مسجد را دلیلی بر حضور آن در فهرست قدیمی‌ترین مساجد ایران دانست.
مسجد نائین در اوج سادگی بسیار زیبا است. شکل ظاهری مسجد مربع شکل دارای یک حیاط مرکزی نسبتاً کوچک است که در اطراف آن ایوان و شبستان‌ها با ستون‌های کوتاه و طاق‌های هلالی قرار گرفته است. محراب این مسجد که یکی از زیباترین نمونه‌های محراب مساجد ایرانی بوده در ضلع جنوبی مسجد واقع و با گچ‌بری بسیار نفیسی تزئین شده است. در کنار این محراب منبر چوبی منبت‌کاری شده قرار گرفته که تاریخ آن متعلق به سال ۷۱۱هـ . ق است.
مصالح اصلی این مسجد آجر و گچ است. تزئیناتش چیدمان آجرها در طرح‌های مختلف و گچ‌بری‌های بسیار نفیسی است که بر روی محراب و ستون‌ها به چشم می‌خورد. این مسجد دارای یک مناره ۲۸ متری است که شکل ظاهری آن با مناره‌های دوره سلجوقی متفاوت است.
مسجد جامع نایین از معدود مساجد اولیه شبستانی است که کمتر دستخوش تغییر و تحول شده و صورت اولیه خود را تا امروز حفظ کرده است. ساختمان اولیه مسجد در قرن دوم هجری قمری احداث شده که شامل قسمت زیادی از مسجد فعلی بوده است. در گوشه شمالی مسجد، قسمت کوچکی وجود دارد که احتمالا مسجدی قدیمی بوده و پس از احداث مسجد جامع در کنار آن،جزء قسمتی از شبستان شمال غربی آن شده است. ستون‌های شبستان مسجد اولیه در قرن دوم هجری قمری مقطع هشت ضلعی داشته که در دوره‌های بعد به صورت جرزهای مربع یا مستطیل در آمده است.
ترکیب حجمی مسجد نسبتا ساده و یکنواخت است. به غیر از مناره، عنصر شاخص و مهم حجمی دیگری وجود ندارد و ارتفاع چهار جبهه و سقف آنها در مجموع ترکیب نسبتا یکنواختی پدید آورده است. این مسجد شامل صحن و شبستان‌هایی در سه جبهه آن و رواقی در جبهه مقابل قبله بوده و با دیواری خشتی محصور می‌شده که امروزه هنوز قسمت‌هایی از این دیوار باقی است. این مسجد فاقد ایوان و گنبدخانه است و منار مسجد با نقشه‌های چند ضلعی در کنار یکی از این ورودی‌هاست. مهمترین فضای مسجد شبستان‌هایی هستند که به صورت عمیق در سه طرف صحن قرار گرفته‌اند. مهمترین و بزرگترین شبستان در جبهه قبله واقع شده است. تقریبا در وسط شبستان محراب ساخته شده است. این محراب در امتداد محور تقارن صحن مسجد قرار دارد.
از دیگر ویژگیهای مهم معماری مسجد جامع نائین:
از ویژگیهای مهم معماری مسجد جامع نائین کمر پوشهایی در طرف چپ و راست محراب بوده که در دوره های بعدی به این مسجد الحاق گردیده است .
این الحاقات جهت استفاده بانوان در مراسم و مجالس ساخته شده و تهیه گردیده که از نظر ساخت به صورت مسطح ساخته شده است .
از ویژگیهای مهم معماری مسجد زیر زمین و یا سرداب مسجد بوده که در ساخت آن از تکنیک کنداستفاده شده و تماماً در دل زمین حفرگردیده است .
از دیگر بخشهای معماری مسجد وجود پایاب ووضوخانه بوده که در قدیم از طریق آب قنات تأمین می شده است .
این مسجد ۶ ورودی داشته که یکی از ورودی های اصلی آن دارای تزئینات بسیار زیبائی بوده که متعلق به دوره ایلخانی می باشد .
این مسجد به شماره ۱۴۴ در سال ۱۳۱۰ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده و سالیانه بیش از هزاران گردشگر داخلی و خارجی از آن بازدید می نمایند.سالانه بیش از۰۰۰، ۳۰ نفر از این بنای تاریخی بازدید می کنند که بازدیدکنندگان از این بنا از کشورهای مختلف اروپائی ، آمریکائی ،آسیایی، آفریقائی بوده که بیشتر آنان از کشورهای آلمان ، فرانسه ، اسپانیا و… می باشند.
